Temporada 1

01. Pilot – Piloto

            El Agente del FBI, Seeley Booth necesita la ayuda de la antropóloga, la doctora Brennan, para resolver el caso de un cuerpo en avanzado estado de descomposición hallado en un estanque del Cementerio Nacional de Arlington. Sin embargo la doctora no está por la labor. Acaba de regresar de un trabajo de dos meses en Guatemala y no está dispuesta a colaborar a menos que le prometan su total participación en el caso. Booth tiene que aceptar a regañadientes.

            La doctora Temperance Brennan se encuentra impartiendo una conferencia a un grupo de estudiantes de antropología cuando aparece el agente Seeley Booth. Un niño de seis años ha desaparecido cerca de un centro comercial de la zona y alguien ha denunciado haber visto restos humanos en un campo adyacente. Booth necesita su ayuda para determinar si los restos son de Charlie.

06. The Man in the Wall – El hombre en la pared

            La noche de descanso de Bones y Ángela termina mal cuando Bones golpea a alguien contra la pared y aparece un cuerpo momificado y una bolsa con anfetaminas.

07. The Man on Death Row – Un hombre en el corredor de la muerte

            El abogado de un hombre condenado apela a Bones y a Booth para que examinen el caso una vez más. Después de repasar las pruebas, determinan que el hombre podría no ser culpable.

08. The Girl in the Fridge – La chica en la nevera

            Bones y Booth investigan el caso de una mujer desaparecida hallada en una nevera, mientras que Bones se reencuentra con su antiguo profesor.

09. The Man in the Fallout Shelter – El hombre en el refugio radioactive

            Es Navidad y Brennan y Booth se encuentran en el Laboratorio después de descubrirse el cadáver de un hombre en un refugio antinuclear.

10. The Woman at the Airport – La mujer en el aeropuerto

            Bones y Booth viajan a Los Ángeles para investigar un cuerpo hallado en una playa. El caso les conduce a cirujanos plásticos y al mercado negro. La víctima pasó por numerosas operaciones y cambió radicalmente.

11. The Woman in the Car – La mujer en el coche

            Bones y Booth investigan el cuerpo de una mujer cuyo cuerpo fue hallado carbonizado en un coche. Se teme que su hijo haya sido secuestrado. El caso se complica cuando averiguan que el marido de la mujer se encuentra en el Programa de Protección de Testigos debido a que es testigo frente a su jefe.

12. The Superhero in the Alley – El superhéroe en el callejón

            Unos chicos descubren en un callejón el cadáver de un adolescente con un disfraz de superhéroe. Bones y Booth descubren que se trataba de una persona solitaria y sin amigos, obsesionado con los cómics.

13. The Woman in the Garden – La mujer del jardín

            Cuando detienen a un joven procedente de El Salvador, descubren un cadáver en el maletero del coche. Mientras le interrogan, se produce un tiroteo y el detenido consigue huir. La doctora y el agente del FBI consiguen averiguar la identidad del cadáver. Se trata de una mujer que fue enterrada en un jardín. Las pistas les conducen a la casa de un Senador.

14. The Man on the Fairway – El hombre de la autopista

            Brennan y Zack se desplazan al lugar en el que se ha estrellado un pequeño avión con diplomáticos chinos y una misteriosa mujer. Bones descubre unos fragmentos de huesos que venían en el avión y que podrían estar relacionados con un hombre que desapareció hace cinco años.

15. Two Bodies in the Lab – Dos cadáveres en el laboratorio

            Brennan acude a una cita con un hombre pero antes de entrar al restaurante, le disparan. Booth y ella intentan descubrir quién quería matarla. Bones cree que algún caso está implicado, pero Booth sospecha que podría ser su cita.

16. The Woman in the Tunnel – La mujer en el túnel

            Bones y Booth investigan la muerte de una realizadora de documentales cuyo cadáver aparece en los túneles que hay bajo la ciudad.

17. The Skull in the Desert –  La calavera en el desierto

            Durante sus vacaciones, Ángela encuentra un cráneo en el desierto. Para sorpresa de Temperance, Ángele le pide que identifique la calavera y parece ansiosa por descubrir su identidad.  Su novio ha desaparecido.

18. The Man with the Bone – El hombre con el hueso

            Mientras examinan el cuerpo de un hombre encontrado en un Parque Nacional, Brennan y Booth investigan un terreno en el que podría haber un tesoro pirata.

19. The Man in the Morgue – El hombre de la morgue

            Bones se ha desplazado hasta Nueva Orleáns para ayudar en la identificación de las víctimas del huracán Katrina. Pronto se ve implicada en lo que parece ser vudú.

20. The Graft in the Girl – La chica del injerto

            Tras investigar el cáncer de pulmón de Amy, Booth y Bones descubren toda una red de injertos de huesos con unas características muy extrañas.

21. The Soldier on the Grave – El soldado en la tumba

            Brennan y Booth investigan un aparente suicidio en el cementerio de Arlington. Pronto descubren que en realidad se trata de un asesinato. La víctima fue soldado de la guerra de Iraq.

22. The Woman in Limbo –  La mujer en el limbo

            Para sorpresa de Bones, los huesos que han llevado al laboratorio para que identifique a la víctima son de su propia madre. Todo el equipo intenta encontrar al asesino de su madre. Brennan se reúne con su hermano, que parece saber más de lo que decía y con una persona inesperada.

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